公平竞争审查和合法性审核都是规范行政行为的重要制度。二者联系密切，但也存在明显区别。

联系主要体现在：一是均为事前审查，即在政策措施出台前履行审查或者审核程序，防止出现排除、限制竞争或者违法的问题；二是均为自我审查，即由政策制定机关自行审查，只不过从政策制定机关内部看，公平竞争审查更多由起草机构分别审查，合法性审核更多由法制机构集中审核；三是均旨在规范行政行为，防止行政机关作出不当行政行为侵害行政相对人的合法权益。

区别主要体现在：一是审查目的不同。合法性审核的目的是防止相关政策措施违反上位法的规定以及相关立法程序；公平竞争审查的目的是防止相关政策措施排除、限制市场竞争。二是审查依据不同。合法性审查的依据较为广泛，所有的法律法规均为合法性审核的依据；公平竞争审查的依据既包括《意见》《实施细则》等政策文件，也包括《反垄断法》《价格法》等相关法律法规。三是审查原则不同。合法性审核主要遵循合法性原则，分析相关政策措施是否存在与上位法规定不符的问题；公平竟争审查坚持合法性原则与合理性原则并重，既要分析相关规定是否具有法律法规依据，也要分析在排除、限制竞争的情况下是否具有充分的合理性。

由于二者存在明显区别，政策制定机关在执行中不应将公平竞争审查与合法性审核相互替代。实践中，一些政策制定机关完全将公平竞争审查纳入合法性审核，没有体现出公平竞争审查的任何痕迹，影响了公平竟争审查作用的充分发挥。因此，各级政策制定机关在贯彻落实公平竞争审查制度的过程中，应当把握好公平竟争审查与合法性审核的关系建立健全相对独立、运行高效、监督有力的内部审查机制，严格遵循基本流程开展审查，确保公平竞争审查制度取得实实在在的效果。